API離子源主要給出分子量信息，也可以通過(guò)一些條件限制獲得有限的結(jié)構(gòu)信息，它又包括電噴霧電離源（ESI）、大氣壓化學(xué)電離（APCI）以及大氣壓光化學(xué)電離源（APPI）、大氣壓固相分析探針（ASAP）等。ESI的原理是：待測(cè)物經(jīng)液相分離，通過(guò)毛細(xì)管進(jìn)入電離源，被離子源的高壓電場(chǎng)電離，同時(shí)在脫溶劑氣和溫度的共同作用下霧化，最終形成霧狀的帶電液滴，隨著溶劑不斷蒸發(fā)，液滴的體積不斷變小，電荷在液滴中不斷富集，最終在富集到一定程度時(shí)，發(fā)生“庫(kù)倫爆炸”，把液滴炸碎，在多次爆炸后，待測(cè)物最終被離子化。ESI源適合于離子型和極性分析物，靈敏度高，能給出分子量的信息，是目前最常用的離子源；但是這種離子源一般最大能允許2mL/min的純水相通過(guò)，否則不能夠很好地霧化并去除溶劑，并且如果待測(cè)物比較復(fù)雜切液相分離不利的情況下，會(huì)產(chǎn)生離子抑制，最終降低檢測(cè)靈敏度。

APCI的原理是：待測(cè)物通過(guò)毛細(xì)管噴霧來(lái)霧化，同時(shí)在高溫和脫溶劑氣的共同作用下快速蒸發(fā)溶劑，然后電暈針尖端高壓放電，使經(jīng)過(guò)電暈針的待測(cè)物發(fā)生電離。

其優(yōu)點(diǎn)在于使用方便，耐用性好，靈敏度高，可以匹配高流速，適合于非極性至弱極性樣品，小分子樣品以及抗菌素和堿性藥物等。

其缺點(diǎn)在于有可能發(fā)生熱裂解，有低質(zhì)量端的化學(xué)噪聲大，有限的結(jié)構(gòu)信息。

因此ESI和APCI是互補(bǔ)的。

近年來(lái)市場(chǎng)上有廠家將ESI和APCI結(jié)合起來(lái)，推出ESCI復(fù)合離子源，其優(yōu)點(diǎn)在于提高工作效率，能夠一次給出ESI+、ESI-、APCI+和APCI-四種電離方式的離子流圖。其缺點(diǎn)在于要求各電離方式之間的切換速度要求比較短，否則在切換時(shí)有可能會(huì)造成漏檢。

大氣壓固相分析探針（ASAP）是近年來(lái)需求比較大的離子源，其優(yōu)點(diǎn)是能夠免除前處理，對(duì)于膏狀物、粘度大的物質(zhì)、易發(fā)泡的物質(zhì)等液相不易分離的物質(zhì)來(lái)說(shuō)，可以直接進(jìn)入質(zhì)譜檢測(cè)，避免經(jīng)過(guò)液相，大大提高了工作效率。對(duì)于化學(xué)合成實(shí)驗(yàn)來(lái)說(shuō)，還可以接近實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)反應(yīng)過(guò)程，非常方便。

FAB離子化能力強(qiáng)，適用于強(qiáng)極性、揮發(fā)性低、熱穩(wěn)定性差和相對(duì)分子質(zhì)量大的樣品，對(duì)非極性樣品靈敏度下降、低質(zhì)量區(qū)以下產(chǎn)生較多干擾峰。

MALDI的準(zhǔn)分子離子峰很強(qiáng)，幾乎沒(méi)有碎片離子，可以直接分析蛋白質(zhì)酶解后多肽混合物，對(duì)樣品中雜質(zhì)的耐受量較大，適用于多肽、蛋白質(zhì)、糖蛋白、DNA片段、多糖及其他生物技術(shù)產(chǎn)品的分析。API源是我們最常用的液質(zhì)離子源。

而對(duì)于氣相質(zhì)譜（GS/MS）來(lái)說(shuō)，主要有電子轟擊電離源（EI）、化學(xué)電離源（CI）和場(chǎng)致電離源（FI）及場(chǎng)解吸電離源（FD）。

EI是利用一定能量的電子與氣相中的樣品分子相互作用（轟擊），使分子失去電子，電離成離子。當(dāng)分子離子具有的剩余能量大于其某些化學(xué)鍵的鍵能時(shí)，分子離子便發(fā)生碎裂，生成碎片離子。

其優(yōu)點(diǎn)在于它是非選擇性電離，只要樣品能氣化都能夠離子化，且離子化效率高、靈敏度高；能夠提供豐富結(jié)構(gòu)信息，是化合物的指紋譜；有龐大的標(biāo)準(zhǔn)譜庫(kù)供檢索。

其缺點(diǎn)在于不適用于難揮發(fā)、熱不穩(wěn)定的樣品，而且只能檢測(cè)正離子，不檢測(cè)負(fù)離子。CI是指引入一定的反應(yīng)氣進(jìn)入離子化室，反應(yīng)氣在具有一定能量的電子流的作用下電離或裂解，生成的離子和反應(yīng)氣分子進(jìn)一步反應(yīng)或和樣品分子發(fā)生離子分子反應(yīng)，通過(guò)質(zhì)子交換使樣品分子電離。

其優(yōu)點(diǎn)在于可以通過(guò)控制反應(yīng)，根據(jù)離子親和力和電負(fù)性選擇不用的反應(yīng)試劑，用于不同化合物的選擇性檢測(cè)。

其缺點(diǎn)在于也不適用于難揮發(fā)和熱不穩(wěn)定樣品，譜圖重復(fù)性不如EI圖譜，而且反應(yīng)試劑容易形成較高的本底，影響檢測(cè)限。

FI和FD是一種軟電離方式，由一個(gè)電極和一組聚焦透鏡組成，形成高達(dá)幾千伏的強(qiáng)電場(chǎng)，使氣態(tài)分子的電子被拉出而電離。

其優(yōu)點(diǎn)在于幾乎沒(méi)有碎片離子，沒(méi)有本底，圖譜很干凈。

缺點(diǎn)在于僅適用于扇形磁場(chǎng)質(zhì)譜和飛行時(shí)間質(zhì)譜儀，四級(jí)桿質(zhì)譜和離子肼質(zhì)譜都不能配置FI和FD源，而且高壓容易產(chǎn)生放電效應(yīng)，操作也更難一些。EI源是我們最常見(jiàn)的氣質(zhì)離子源。